Благодаря проекту «Дискавери», созданному компанией CCP Games совместно с проектом MMOS (Massively Multiplayer Online Science), капсулеры могут принять участие в анализе данных проточной цитометрии и помочь ученым понять, как влияет COVID-19 на иммунную систему и клетки крови человека.
Участие разработчиков и пользователей онлайн игры в борьбе с мировой пандемией заслуживает уважения. Напомним, что не так давно игроки EVE Online пожертвовали более 100 тыс. долларов на борьбу с «коронавирусом» в рамках внутриигровой благотворительной программы.
Что нужно для участия в проекте?
- создать персонажа в многопользовательской онлайн игре EVE Online
- присоединиться к проекту «Дискавери»
- пройти обучение, которое проводится доктором Андреа Коссарица (Dr. Andrea Cossariza), профессором иммунологии Кейльского университета
- правильно идентифицировать положение белков в клетках
За правильно выполненное задание игроки получают игровые награды.
Развитие проекта
При планировании и реализации проекта было много изучено о проточной цитометрии и популяциях клеток. С момента запуска проекта было собрано 39,6 млн заявок от игроков EVE Online.
466 тысяч из них уже проверены и могут использоваться в научном исследовании. Однако с повышением числа все поступающих данных пришло время поднять проект на новый уровень.
Как можно улучшить обработку данных проточной цитометрии?
До сих пор пользователи мини-игры успешно справлялись с определением границ кластеров. Для графиков, аналогичных приведенным ниже используется старый подход.
Главной целью является улучшение кластеризации на следующих двух графиках, которые более сложны для анализа из-за их особенностей, связанных с преобразованием в 2D реальных образцов крови и клеток.
На графиках образцов типа A видны хвосты, или «мазки», по обеим сторонам пятна с высокой плотностью. Присутствие мазков говорит о наличии разных типов клеток, хотя на графике не так много точек. Выяснение положения популяций, или «кластеров» клеток ценно для понимания воздействия COVID-19.
Также образцы типа A сложно интерпретировать из-за решения удалить интервальные отметки для борьбы с ботами и для упрощения взаимодействия с пользователем. Удаление отметок важно из-за логарифмического масштаба графиков. По сути, одна точка в правом верхнем углу графика по содержанию белка эквивалентна тысячам точек в левом нижнем углу.
На более простых графиках типа A нужно отделить боковые мазки от кластеров высокой плотности и отразить кластеры. В более сложных случаях, как ниже, когда боковой мазок слева намного меньше другого и при отражении проходит прямо через кластер высокой плотности, нужно отделить тело «кометы» от ее «хвоста»
Графики типа B выглядят как объединение клеточных популяций. Капсулеры успешно выделяют левую, правую и среднюю части графиков типа B. Однако, можно заметить кластер данных, который выступает из области высокой плотности. Эти клетки следует выделить в отдельную группу.
Для этого нужно разделить кластеры в самом узком месте. Если это не удается, нужно попробовать отразить один кластер от другого и нарисовать разделяющую линию через середину зеркальной плоскости.
Все говорит о том, что игроками EVE Online было отправлено много надежных образцов и что сейчас они готовы принять вызов по более точному разграничению более сложных образцов.
Источник: https://store.steampowered.com/newshub/app/8500/view/2903089682123200520
